תנא בדור הראשון (ג’ת”ת – תת”מ , 40 – 80).
התואר “סגן הכהנים” מלמד כנראה, ששימש כסגן לכהן הגדול בבית – המקדש.
רבי חנינא הסביר את תפקיד הסגן בבית – המקדש: “שאם אירעה תקלה לכהן הגדול ונפסל לעבודה, נכנס הסגן ומשמש במקומו” (יומא לט, א).
הוא גם מסר את מנהג אביו בבעלי – חיים שעלו למזבח ונפסלו להקרבה (משנה, זבחים ט, ג). כן נמסר מנהג בני בית רבי חנינא סגן הכהנים בהשתחוותם במקדש (משנה, שקלים ו, א). במסכת עדיות מסר כמה עדויות שנוגעות לעבודת הכהנים (ב, א – ג), וכן מסר הלכות בענייני כהונה ועבודת המקדש (משנה, זבחים יב, ד).
רבי חנינא ראה בעיניו את החורבן והביע את צערו במאמר המתייחס לאיסור טבילה בתשעה באב: “כדאי הוא בית אלקינו לאבד עליו טבילה אחת בשנה” (תענית יג, א).
מרבי חנינא נותרו גם כמה מאמרי אגדה.
הוא דיבר על חשיבות השלום: “גדול השלום, ששקול כנגד כל מעשה בראשית” (ספרי, במדבר מב).
כיוון שראה את התופעה הקשה של מלחמת אחים בימי החורבן, שיצרה אנדרלמוסיה – ציווה להתפלל “בשלומה של מלכות, שאלמלא מוראה – איש את רעהו חיים בלעו” (אבות ג, ב).
רבי חנינא החשיב את לימוד התורה כמגן ומציל מפני הפורענות: “כל הנותן דברי – תורה על לבו – מבטלין ממנו הרהורי חרב, הרהורי רעב, הרהורי שטות… הרהורי דברים בטלים, הרהורי עול בשר ודם” (אבות דרבי נתן, כ).
יש הסוברים, שרבי שמעון בן הסגן – הוא בנו.